治疗直肠癌口服化疗药物包括氟尿嘧啶类药物、卡培他滨、曲氟尿苷替匹嘧啶(TAS-102)。由于单独口服化疗药的有效率仅有10%-20%，通常建议联合用药，如联合奥沙利铂、伊立替康。此外部分患者口服分子靶向药可有一定的效果。目前国家三线推荐的分子靶向药物，包括瑞戈非尼、呋喹替尼、TAS-102。

根据直肠癌的不同分期，治疗模式会有所不同。如中低危直肠癌常用放化疗，即口服化疗配合局部放疗作为新辅助治疗，之后再给予手术治疗、辅助化疗。如果处于局部进展期或者晚期，通常建议采用两药联合的化疗，如含奥沙利铂或者含伊立替康的方案。