盐酸莫西沙星片在临床上不可以用于治疗前列腺炎，虽然莫西沙星是最新一代的喹诺酮类抗生素，但主要针对的菌是诱发呼吸道、鼻窦感染的常见致病菌，比如肺炎链球菌等。在莫西沙星的说明书上也明确写着对社区获得性肺炎及上呼吸道感染有效，里面没有提及用于治疗泌尿和男性生殖系统的感染。
在既往的前列腺炎治疗中，常用的左氧氟沙星，该药是治疗前列腺炎的首推抗生素之一，主要的原因是它可以覆盖包括大肠杆菌在内的常见细菌性前列腺炎的致病菌，因此在临床上有很好的疗效。治疗一般根据患者的症状以及是急性，还是慢性前列腺炎，在疗程上可能需3-6周不等，针对慢性前列腺炎患者疗程可以适当放长。所以莫西沙星虽然是更高一代、更新一代的喹诺酮，但是在临床上泌尿男科医生并不用来治疗前列腺炎。
