上颌窦囊肿一般不会有不适，也不会给患者带来不良影响，所以上颌窦囊肿通常无需特别处理，观察即可。但上颌窦囊肿可能出现持续增大，如果充满整个上颌窦腔，可能会有面部发胀的感觉。一般颌窦囊肿不会长到那么大，所以持续观察即可，无需手术。
如果上颌窦囊肿有充满整个窦腔的表现，可以考虑做鼻内镜下的上颌窦开放手术及囊肿切除手术。该手术是相对常规的术式，疗效较好。上颌窦囊肿的发生，和鼻炎有一定关系，通常会合并过敏性鼻炎及慢性鼻炎的表现。建议治疗过敏性鼻炎以及慢性鼻炎以缓解症状，对上颌窦囊肿也有间接的抑制作用。
鼻炎的治疗，一般可用鼻喷激素喷鼻，也可用鼻喷的抗组胺药喷鼻，或口服白三烯受体拮抗剂。通过手术药物治疗，通常可以较好地控制和缓解鼻炎症状，并在一定程度上抑制颌窦囊肿。但上颌窦囊肿一般持续观察即可，如3-5年复查鼻窦CT即可，通常不需要手术。
