小儿肾积水手术比例较低，80%肾积水患儿可以观察，只有20%的患儿需手术进行干预。确认需要手术时，需完善的检查包括超声、磁共振、CT和增强CT检查，以判定肾积水的严重程度。

手术方式通常包括微创手术和开放手术，开放手术是在腹部开一个2cm左右的小切口，微创手术是在腹部打3个孔，通过腹腔镜进行操作。手术都是将肾盂输尿管交接处狭窄切除，做肾盂输尿管再吻合。有时也可放入支架管做内引流，但内引流的效果通常没有切除再吻合的效果好。