尿道下裂治愈率较高，即使多次手术，最终结局也较好。只有少数患者需多次手术，甚至会成为尿道下裂残疾。

通常轻度尿道下裂，即Ⅰ度或Ⅱ度尿道下裂的患者术后几乎不影响功能，生育和外观各方面较好。而Ⅲ度和Ⅳ度尿道下裂，患者有时会合并前列腺囊，若前列腺囊反复发炎，双侧睾丸异常，则可影响生育。并且Ⅲ度和Ⅳ度尿道下裂手术难度较大，成功率较低，并发症相对较多，处理较为困难。