高位复杂性肛瘘，通常只有通过手术方式，才能达到根治的目的。治疗高位复杂性肛瘘，较常用的一种方法就是挂线，挂线可以保护肛门括约肌的功能，通常不会引起肛门的失禁。

但随着现在技术水平提高，针对高位复杂性肛瘘；也可采用分步的手术方式进行治疗。在治疗初期，也会通过一条空挂线，使患者感染灶全部愈合较好，在不损伤括约肌的情况下处理内口，而且在外口处切开，充分引流，可以促进高位肛瘘的愈合，而且损伤较少。