根据目前的研究结果，双歧杆菌相对安全性较高，孕妇、儿童也可使用。因此，如果从安全性考虑，双歧杆菌可以长期服用，但是建议根据疾病情况决定，无需长期服用。如果最近一直不适可以连续服用，缓解后可以改成间断服用，而并不需要长期服用。
双歧杆菌属于益生菌，益生菌目前在临床上是一类常用药物，不管对于功能性疾病还是器质性疾病，都有一定治疗或辅助治疗效果。对于很多肠道炎症性疾病、感染性疾病，甚至有非特异性肠道炎症性疾病，如慢性溃疡性结肠炎，益生菌包括双歧杆菌都是有一定的辅助治疗效果。而对于功能性疾病，如便秘和腹泻，益生菌也可以起到很好的辅助治疗效果。因此，双歧杆菌在临床上的治疗效果是根据本身疾病来判断。
