男性患儿阴茎短小应根据病因治疗，具体如下：

1、自身发育致使阴茎过小：即阴茎海绵体发育较差，需检查垂体、肾上腺与睾丸、性腺轴有无异常，激素分泌是否正常，需检查染色体、SRY基因。甚至可能还会进行HCG激发试验了解睾丸状态，且小阴茎治疗较麻烦；

2、隐匿性阴茎：阴茎陷于体内，可进行阴茎延长加皮瓣转移手术使阴茎显露；

3、肥胖原因导致：耻骨间脂肪较厚，建议控制体重。脂肪减少后阴茎即可显露，同时需解决包茎状态，应定期清洗包皮，同时进行密切随访。