目前多囊卵巢综合征属于终身性疾病，不能治愈，发病原因尚未完全明确。临床可根据患者的要求，进行个体化的治疗。
对于较为年轻、无生育要求者，保证月经周期性来潮即可。若患者自身2-3个月来一次月经，体重也在正常范围内，并无其它的伴随症状以及高雄激素血症，此时并非要用药物干预；而对于有生育要求的患者，则必须应用药物帮助妊娠；对于生育后的人群，管理目标则是月经按时来潮，保护子宫内膜，若超重则需要减重。另外，如果存在痤疮、脂溢性脱发，同样需要治疗。
多囊卵巢综合征的患者若3-6个月也不来月经，则必须进行治疗。如果并无生育要求，最简单的方法则是口服黄体酮、地屈孕酮，停药后月经自然会来潮。
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