食物不耐受是由食物特异性IgG抗体引起，食物特异性IgG抗原抗体免疫复合物在体内沉积，诱导产生一系列的慢性疾病和表现，如慢性腹泻、皮疹、慢性咳嗽、关节炎、胸痛、疲劳等。正常情况下，当肠道和免疫系统都处于健康状态下时，食物被消化为葡萄糖、氨基酸和脂肪酸，通过肠道内壁进行吸收，部分未消化的食物分子即使进入体内，也会被正常的免疫系统清除，不会引发症状。
当肠道处于健康状态，而免疫系统较弱时，部分未消化的食物进入肠道内壁激发产生抗体，形成抗原抗体复合物。通常巨噬细胞产生不足导致免疫系统薄弱，不能彻底清除抗原抗体复合物，在组织中沉积就会引起食物不耐受的临床症状。当胃肠道处于渗漏状态，且免疫系统超负荷时，肠道通透性会增加，导致更多未完全消化的食物分子进入血液，而免疫系统超负荷时，复合物无法被清除，沉积在组织中，会引发临床症状，这就是食物不耐受的致病机制。
