碘酊是杀菌剂，可以治疗皮肤微生物感染如细菌、真菌，还有病毒感染，但不能治愈灰指甲。灰指甲需要口服、外用抗真菌的药物来进行联合治疗，口服药物包括伊曲康唑、特比萘芬或者氟康唑，通常采用冲击治疗。外用药物如阿莫罗芬搽剂，按照说明书操作。

同时还要泡脚、剪短指甲、挫薄指甲，经过一个循环或一个疗程的治疗，灰指甲就能够彻底治愈。有时治疗灰指甲不当，是因为虽然涂了药，但指甲没有经过处理，药物难以渗入到甲板里杀灭病原微生物，所以治疗时也有一定的技巧。