医院获得性肺炎的致病菌主要是革兰氏染色阴性的细菌，例如鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希氏菌等。部分革兰氏阳性球菌也可以是医院获得性肺炎的致病菌，例如金黄色葡萄球菌。

部分真菌也可作为医院获得性肺炎的致病菌，真菌中的烟曲霉，即曲霉菌，在医院获得性肺炎中的占比越来越高。但对于医院获得性肺炎的致病菌的分布以及耐药等特点，不同地域有相应的差别，还要根据本地域的流行病学结果进行初步的判断，选择经验性治疗的方案。