CA125在临床上是主要用于上皮性卵巢癌检测的一种肿瘤标志物，来源于胚胎发育期体腔上皮，在正常卵巢组织中不存在。因此，最常见于上皮性卵巢肿瘤，特别是浆液性肿瘤患者的血清中，诊断的敏感性较高，但特异性较差。黏液性卵巢肿瘤中不存在CA125，80％的卵巢上皮性肿瘤患者血清中的CA125升高，但近半数的早期病例并不升高，故不能单独用于卵巢上皮癌的早期诊断，90%的患者血清CA125与病程进展有关，故多用于病情检测和疗效评价。

对于有特殊遗传基因突变和卵巢癌家族史的高危人群，可考虑用血清CA125结合阴道超声检测，以早期发现卵巢癌。某些良性妇科疾病会引起CA125检测结果的升高，如卵巢囊肿、卵巢化生、子宫内膜异位症、子宫肌瘤和子宫颈炎。怀孕初期和良性疾病，如急慢性胰腺炎、良性胃肠道疾病、肾功能衰竭、自身免疫性等疾病，CA125会轻度升高；良性肝脏疾病，如肝硬化、肝炎，CA125会中度升高；各种疾病引起腹水，CA125都会急性增高。虽然CA125最高检测值见于卵巢癌患者，但在查子宫内膜、乳腺、胃肠道和其它恶性肿瘤疾病时，CA125也可见明显增高。