胃食管反流的药物治疗周期如下：

1、初始治疗阶段：通常需要4-8周，目的是缓解患者的反酸、烧心等症状，同时促进食管黏膜修复；

2、维持治疗阶段：治疗时间因人而异，有的患者时间较长，有的时间较短，并无统一标准。

目前临床上治疗胃食管反流所用的药物是抑酸药，在抑制胃酸后，患者的症状可以得到缓解，但并不能达到根治的目的。因为胃食管反流的发生机制是食管下段括约肌松弛，单纯使用抑酸药不能增加食管下段括约肌的紧张度，所以无法达到根治胃食管反流的目的。