小儿入睡后咳嗽可能是由于感冒、气管炎、肺炎等呼吸道感染所致，而呼吸道感染可由多种病原菌引起，常见于病毒感染。若家长带小儿到医院检查血常规发现白细胞未升高，则多由病毒感染导致，可应用止咳化痰类药物进行治疗。若白细胞较高则通常提示有细菌感染，医生会根据小儿相应症状加用抗生素。若根据胸片和其他化验检查怀疑有支原体感染情况，则可能会应用红霉素、阿奇霉素等大环内酯类药物。
小儿入睡后喉部肌肉松弛，痰液会沉积在体位相对较低位置，当痰液积聚较多后刺激气管、支气管纤毛，可加重咳嗽症状。如果小儿无法安静入睡，家长可酌情少量应用镇咳药，但此类药物需在医生指导下服用。咳嗽是人体保护性反射，多由于气管中存在异物、炎症或受到化学、物理刺激所致，通过咳嗽可将异物或痰液排出体外。
