气管镜与肺穿刺是两种有创的检查方法，都是呼吸科常规采用的方法。行气管镜检查的病人相对较痛苦，但出现肺出血、气胸、血胸的风险较小。肺穿刺检查相对较直接，可以直接取得病变组织，但引起肺出血、气胸、血胸等并发症的风险较高，所以各有其适用范围。

通常若能通过气管镜解决问题，则行气管镜进行诊断和治疗，必要时再做穿刺治疗。两项检查对于普通感染、确定炎症病原、明确肺部肿块性质非常重要。气管镜可视范围较大，可在直视下进行取材并进行气道灌洗。但对于肺周边病变，肺穿刺可以取得较好效果，可以在CT引导下直接对病灶进行穿刺取材。所以应根据病人的具体情况采用合适方法，使病人得到更好的诊断和治疗。