肠易激综合征不治疗会严重影响患者日常生活和工作，有的患者甚至不敢或者不能去正常上班。如果出现频繁腹泻，就会出现营养不良。经常腹泻可降低人的抵抗力，使患者对其它传染病或者其它感染降低抵抗力。经常腹泻还会引起肠道的改变，甚至引起结肠癌。

长期便秘使机体毒物不能及时清除，体内毒素和代谢产物在体内重新被吸收，尤其是其中的致癌物质在肠道中积存时间过长，很容易引起肠癌或者其它消化系统的癌症，肠易激综合征可以导致营养吸收不良、贫血及维生素缺乏。