霉菌性食管炎患者往往合并免疫功能低下的疾病，这种情况需要治疗原发病。

而霉菌性食管炎本身的治疗需要使用制霉菌素片、伏立康唑片等，在抗真菌的同时还要服用抑酸药物，包括奥美拉唑、雷贝拉唑、兰索拉唑，同时还要服用增加胃肠动力的药物，如吗丁啉、莫沙必利等。很多霉菌性食管炎患者往往合并营养不良，需要加强营养，改善患者体质弱的情况。