霉菌性肠炎的大便为豆腐渣样，大便松软、色黄、泡沫多，上面有块状白色物质，类似豆腐渣。临床上也可见到不典型的霉菌性肠炎，可能呈稀糊便。诊断霉菌性肠炎，不仅要根据眼睛观察，还要通过大便化验，检测大便里有没有霉菌孢子体和菌丝，或者通过大便培养进行检查。

霉菌性肠炎发生率较低，而且原发霉菌肠炎少见。多数霉菌性肠炎发生于两类患者，一类是有免疫缺陷的患者，另一类是需要长期应用抗生素或者免疫抑制剂的患者。