MRI检查所用的造影剂经过严格临床试验后投入使用，相对较为安全。磁共振检查造影剂一般为钆对比剂，与含碘X线造影剂相比钆剂具有用量少、过敏率低等优点。MRI造影剂经过大量药理和临床应用研究证明相对安全，绝大多数人注射造影剂后都不会产生不良反应，仅有少部分患者存在呼吸系统疾病，或过敏体质时会产生不良反应，发生率仅为1.5%-3%，主要表现为头晕、一过性头痛、恶心、呕吐、皮疹等。严重不良反应发生率低于1%，主要表现为呼吸困难、血压降低、支气管哮喘、肺水肿等。
对于钆剂过敏或可疑过敏患者不应使用造影剂，钆造影剂经过肾小球滤过以原形排出体外，检查完后会鼓励患者多饮水、多排尿，数小时造影剂可以完全代谢。特殊人群，例如孕妇、哺乳期妇女不建议进行磁共振增强检查。另外，不建议短时间内多次进行增强检查。
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