肥厚型心肌病的药物治疗是基础治疗，可以选择的具体药物如下：
一、减轻左心室流出道梗阻的药物：1、β受体阻滞剂：是肥厚型梗阻性心肌病的一线治疗药物，常用的药物有美托洛尔、琥珀酸美托洛尔、富马酸比索洛尔等药物，可以改善心室的松弛，增加心室舒张期充盈的时间，减少室性和室上性心动过速。2、非二氢吡啶类钙通道阻滞剂：如地尔硫䓬、异搏定等药物，也具有减慢心率和减弱心肌收缩力的作用，可改善心脏的舒张功能，对减轻左心室流出道梗阻，也有一定的治疗效果，可用于治疗不能耐受β受体阻滞剂的病人；
二、治疗心力衰竭的药物：肥厚型心肌病到晚期，患者可以出现心力衰竭、左心室的扩大、左心室收缩功能降低、慢性心功能不全的表现。治疗药物的选择与其他原因引起的心力衰竭相同，包括ACEI(血管紧张素转换酶抑制剂)、ARB(血管紧张素Ⅱ受体阻滞剂)、β受体阻滞剂、利尿剂、螺内酯，甚至是地高辛；
三、治疗房颤的药物：因为肥厚型心肌病极易发生房颤，发生率达20%以上，胺碘酮能减少阵发性房颤的发作，对持续性房颤的患者可给予β受体阻滞剂以控制心室率，同时应该口服抗凝剂。
