大肠杆菌又称为大肠埃希菌，是革兰氏阴性杆菌，想要杀灭大肠埃希菌，需要用广谱抗生素或应用针对革兰氏阴性杆菌的药物，都能够杀死。常用药物有喹诺酮类药物，如甲磺酸、左氧氟沙星、盐酸左氧氟沙辛或可洛比托等，可以口服也可以静点，是首选药物。但是注意14岁以下儿童，不建议用喹诺酮的药物，可以选择青霉素类药物，青霉素类药物也是广谱药物，对大肠杆菌也有明确的杀灭效果，对于泌尿系感染、胆道感染以及呼吸道感染都有明确的疗效。

大肠杆菌是革兰氏阴性杆菌，所以头孢类的药物，头孢三代、头孢四代也有杀灭作用。开始确定诊断时不能杀鸡用牛刀，因为头孢三代、四代是高级别的抗生素，如果用喹诺酮类药物效果不佳，又不能用青霉素类药物，可以选择头孢三代、头孢他啶等进行治疗。

大肠杆菌有时会通过扩张的肠黏膜，屏障功能受限的肠黏膜进入到腹腔，引起自发性腹膜炎，此时要联合用药，进行足疗程治疗。大肠杆菌可以随着胆道进入到胆囊，引起急性胆囊炎，所以用头孢他啶时，可能会加用甲硝唑或替硝唑等抗厌氧菌感染的药物。泌尿系感染最常见的致病菌也是大肠杆菌，所以也是首选喹诺酮类的药物进行治疗。