龟头炎主要是采用外用药物直接作用在局部进行治疗。常用的标准西药治疗主要是抗真菌的药物，由于较多的包皮龟头炎是由于霉菌或者真菌感染所导致，所以通常采用抗真菌或者抗霉菌的药物，常用药物包括特比萘芬，环吡酮胺软膏等，可以改善局部炎症。 除西药治疗外，还可以采取中成药或者中草药治疗，常用的中成药，包括皮肤康洗剂等。

中草药可以采用三黄洗剂，比如大黄、黄连、黄柏、苦参等药物，都可以有效的达到消炎作用。如果患者合并有包皮过长或者包茎，由于龟头长时间的无法外露，导致局部的潮湿环境，由于本身原因造成龟头炎，如果频繁发作，建议在治疗龟头炎的同时可以做包皮环切术，把包皮切掉，使龟头完全外露，减少局部的潮湿环境，从而减少龟头炎的复发。