巧克力囊肿破裂的症状主要为腹痛、急腹症。巧克力囊肿主要是卵巢里面有较多如巧克力样的黏稠液体，当患者本身巧克力囊肿较大，突然发生完全性破裂时，大量巧克力样的囊液流如腹腔，对腹腔的各种脏器形成一定的刺激，从而出现腹膜炎的症状。医生按压时可有明显压痛、反跳痛，部分患者可发生疼痛性的休克。

当巧克力囊肿发生破裂时，患者较为疼痛，此时需通过急诊手术解除疼痛。手术主要将盆腔里大量的液体吸取干净，再洗干净盆腔，从而缓解疼痛，顺道通过手术剥除巧克力囊肿。部分患者的巧克力囊肿较小，仅2-3cm，或虽然巧克力囊肿较大，但为多房的巧克力囊肿，且仅破了其中的一个房。此时囊液流出时因囊液较少，刺激性不强，患者可有一过性的腹痛，可自行缓解，并不会有其他后果。多数患者通过手术时才发现盆腔里、肠管上有咖啡色的液体，提示可能存在巧克力囊肿曾经不全破裂过。