核磁共振检查根据检查部位、器官不同，时间长短不同。一般普通平扫仅需7-8分钟，如果进行增强扫描、功能成像等，则可能需30-40分钟，乳腺和肝脏检查需要20分钟左右。因此核磁共振检查根据器官不同、扫描序列不同以及是否需增强，检查时间也有所差异。

部分器官如肝脏、盆腔等，在识别有无病变、供血情况时，可能需要做增强磁共振，动态观察血液流动情况。磁共振包括各种序列，如T1、T2动态增强、DWI、DTI灌注弥散等多种功能成像，参数发生变化，呈现出来的序列会比较多，扫描时间即会延长。