事实上对于川崎病明确病因，目前医学上没有很合理解释，但是依然有蛛丝马迹可循。
首先川崎病一般认为是感染引起超抗原，出现自身免疫反应的过度活化，从这个角度上，感染可能是川崎病占权重比较大的原因之一。但是并不能说感染的孩子一定会得川崎病。感染里面包括很胃肠道感染、呼吸系统的感染，病原学方面包括细菌感染或者病毒感染，乃至支原体感染。
总体而言，川崎病的病因目前确实不是非常明确。但川崎病的治疗已经非常的成熟，即便对病因目前不是非常了解，但是并不妨碍对疾病成熟而成功的治疗的模式。
川崎病虽然病因不是很明确，但是如果在患儿感染的早期，医生能够想到有出现川崎病的可能，就会对川崎病的早期诊治起到比较好的警示作用。