婴儿先天性心脏病的发病原因目前尚不明确，但存在以下因素目前可能会导致先心病发生概率增加：

1、家族遗传因素：如兄弟姐妹或父母患有先天性心脏病，部分基因遗传缺陷可能会导致心脏大血管发育异常；

2、染色体疾病：部分胚胎在发育过程中染色体改变可导致先天性心脏病，此时往往合并其它问题如唐氏综合征，即常说的21-三体，还有18-三体综合征等；

3、病毒感染：妊娠时期特别是在妊娠早期，风疹病毒、流行性感冒病毒、流行性腮腺炎病毒和柯萨奇病毒感染等可能会导致先天性心脏病发生；

4、高危妊娠：如孕妇年龄超过35岁或合并糖尿病、苯丙酮尿症等；

5、接触有害物质：妊娠期特别是在妊娠前3个月是胎儿发育的关键时期，此期间孕妇接触射线、有机化学物质、服用抗肿瘤药物、抗癫痫药物等均可能导致胎儿出现心脏畸形；

6、其它原因：包括缺乏叶酸、胎儿宫内缺氧等。