大多数患者卵圆孔未闭都不会出现明显症状，因为心脏内血流分流量较少。但在剧烈运动、咳嗽、潜水时，可能会导致右心房压力超过左心房，此时可以通过未闭的卵圆孔出现明显的右向左分流。

分流可能是在干预影响下出现的短暂现象，也可能持续存在，从而出现相应症状，如脑卒中、偏头痛、减压病等。类似症状一般好发于成年人以及少部分青少年，但在儿童期较为少见。