滴虫性阴道炎一旦发生应积极治疗，如果不治疗可能会导致患者出现严重的外阴瘙痒、分泌物异常，甚至继发盆腔炎，并影响性伴侣，即夫妻均会有症状，继而影响生活、睡眠，以及性生活等。
滴虫性阴道炎长期不进行治疗，还可能会引起其他阴道菌群紊乱，并导致逆行感染，如感染到子宫、输卵管等，可以引起盆腔炎、输卵管卵巢脓肿、慢性盆腔炎症疾病后遗症，甚至是不孕等。
滴虫性阴道炎属于性传播疾病，因此治疗时通常是用甲硝唑类药物，即抗厌氧菌的药物进行夫妻同治。
需要注意的是即使严格按照疗程，并采取夫妻同治，滴虫性阴道也较容易复发，因此通常要求在月经前后连续3次复查滴虫正常，才能认为滴虫性阴道炎已经治愈。
