直肠炎可以和多个疾病相互鉴别，一般与克罗恩病相鉴别。克罗恩病也属于炎症性的肠病，一般发生在胃肠道的任何部位，但好发于末端回肠和右半结肠，临床表现以腹痛、腹泻，还可能出现肠梗阻，可以伴发有发热、营养障碍等肠外表现，病情多迁延，反复发作，不容易根治。还要和急性感染性肠炎鉴别，感染性肠炎发病都比较急，大多伴有发热、恶寒、恶心、呕吐、腹痛等症状，也可以表现脓血便，粪便常规或病原学检查可检测出病原体，抗菌药物治疗非常有效。另外要和直肠癌相鉴别，直肠癌大多都发生在直肠中下段，直肠指诊一般可以触及肿块，临床表现大便便次增多、排便习惯改变、大便变细，通过结肠镜检查，有鉴别诊断价值，内镜活检，标本病理检查可明确诊断。
