肛隐窝炎最主要的并发症是肛门局部不适或者坠痛。肛管与直肠交界处有齿状线，齿状线是由7-11个肛隐窝所构成，为腺体，如果腺体发炎可以产生临床症状，具体如下：

1、肛门局部感到有异物感；

2、排便时有排便不尽感；

3、如果隐窝炎发作可以诱发脓肿形成，肛隐窝发炎时通常可以在肛门镜下看到局部隐窝红肿，有时挤压可以见脓水流出。

因此，肛隐窝炎最主要的并发症是肛门局部不适或者坠痛，一旦发生脓肿疼痛会进一步加重。其它临床症状主要是排便以后症状会加重，休息时减轻，特别是便秘时症状尤为明显。