儿童慢性咳嗽根据临床诊断的不同，治疗疗程也不同。如迁延性细菌性支气管炎，可能需要抗生素治疗2-4周，甚至部分特殊病原体需要4-8周。另外，咳嗽变异性哮喘，治疗时间为3-6个月，甚至部分患儿可达到1年以上。

此外，慢性咳嗽中还有抽动障碍，是神经系统中的疾病，表现为白天阵发性干咳，晚上入睡之后咳嗽症状缓解，但会伴随比较多的小动作，这种情况需要与其他慢性咳嗽鉴别后再诊断。