脑脓肿目前主要的治疗措施为手术加外周抗生素的综合治疗。脓肿形成以后，可以做头部磁共振或CT薄扫，定位脑脓肿的部位，再行脑脓肿的定向穿刺，将引流管的头端，置入到脑脓肿的中心位置，通过穿刺管，使用抗生素进行冲洗，还必须要使用外周的抗生素，来辅助治疗、联合治疗。

脑脓肿穿出来后，还要明确具体原因，行药敏试验，根据药敏试验调整抗生素。在长期治疗过程中，还要防止脑水肿、脑疝，以及避免脓肿扩散。