胆囊摘除后影响分短期、长期，但影响较小。如果要摘除胆囊根部，夹闭后切除整个胆囊、胆囊管。术后短期胆囊储存胆汁功能、调节功能会受到一定影响，可能出现进食油腻后大便次数增多，出现脂肪泻情况。少部分患者胆囊切除后会有隐痛感，称为胆囊切除术后综合征，可能由于胆囊切除后，胆管里面胆汁流速较快，引起Oddi括约肌，即胆管下端肌肉痉挛，也可能出现隐痛。

此外，胆囊切除后，胆盐平衡破坏后进入肠道，引起肠道结肠息肉，结肠癌发病率增高。但需要远期过程，如30-40年后，结肠癌发病率可能升高，但目前科学研究并没有完全证实。