耐多药肺结核通常不能自愈，临床上经痰检发现结核杆菌后，进而通过药敏试验对耐多药肺结核患者进行确诊，耐多药肺结核患者体内的结核杆菌较多，所以耐多药肺结核基本上无法自愈。大部分耐多药肺结核患者为老年患者，其肺部病变较严重，且患者体质欠佳或合并有其它的并发症，如糖尿病、免疫系统疾病。
耐多药肺结核患者通过规律地抗结核治疗，其治愈率可能仅达到50%，不进行抗结核治疗的患者，基本上无法自愈，随着时间的延长，患者的肺部病变会逐渐加重，最终可导致患者因呼吸困难、咯血、呼吸衰竭而死亡。临床上建议被确诊的耐多药肺结核患者应及时开始规律地抗结核治疗，于早期控制症状，减少肺部损伤。即使有将近50%的患者无法被治愈，但临床上可通过规范的抗结核治疗，降低患者的传染性，延缓疾病的进展，并提高患者的生活质量。