痰液的细菌学检查为判断结核病的疗效与传染性的可靠指标。通常耐多药肺结核患者规律地进行治疗2-3个月后，痰菌量可明显下降，而要达到细菌学检查阴转的患者，治疗时间一般至少需要6个月。
耐多药肺结核的治疗过程中，临床上建议有痰的患者应每月进行痰液的结核杆菌培养，进而可根据痰菌的数量及检测结果是否阴转判断疗效，便于及时地更改患者的治疗方案。同时临床上有较多患者会询问自身是否仍具有传染性，以及是否需继续与家人进行隔离，临床上仅能基于患者的痰菌培养结果做出相应的答复，所以原则上要求耐药性肺结核患者每月均需进行痰液的结核杆菌培养，不可仅行痰液的涂片检查，因为痰液的涂片检查中发现的细菌可能为死菌，但痰液的结核杆菌培养中，仅有活菌可被培养出来。