扁桃体结石位置通常都位于扁桃体上，张大嘴巴，舌体较高时用压舌板将舌头压下，一般可以暴露两侧扁桃体而不需要刻意去找。

如果存在结石，可发现隐窝口以及扁桃体表面有黄白色颗粒样物，通常较难取下。若硬行取下，可在扁桃体黏膜上留下疮面，甚至少量渗血。

很多人可能以为自己有扁桃体结石，但实际上并不一定是扁桃体结石。通常只是扁桃体隐窝内分泌物，混合饭渣存留在扁桃体内形成的颗粒样物，属于慢性扁桃体炎表现。

扁桃体结石随着时间推移，慢慢被排出或喝水漱口时被冲洗掉，结石比较固定并且存留时间较久也是慢性炎症表现。