腘窝囊肿如果较大，患者反复穿刺如果感染，会出现膝关节后方破损，感染流脓的情况，需做清创处理，控制感染，修复皮下组织，需要一定的治疗时间。如果腘窝囊肿在皮肤表面破溃会导致感染，甚至出现关节感染，患者应该做及时的清创处理，有时需要引流。

如果腘窝囊肿在内部破掉，反倒是治疗方法，比如通过关节镜将膝关节后方的关节囊打开，让囊肿内口敞开，是现代治疗常用的微创方法。如果腘窝囊肿在肌间隙里面破开，也会有利于吸收，囊肿会变小。因此如果自行破裂是正常状态，甚至是治疗方法。