核磁共振检查时间较长，成像序列多，图像信息丰富。部分患者还需要增强检查，以头颅磁共振平扫为例，常规会进行五个序列检查，每个序列约20幅图像，扫描完成后技师会将所有图像先进行窗宽、窗位调节，以达到最佳显影效果，再上传图像至工作站打印胶片，诊断医生会在查看申请单明确患者病史后，仔细观察阅片，书写诊断报告。一般先由初级医师阅片后书写报告，再由中级及以上职称医师审核后才出具诊断报告。
一般做完检查以后大约1-2个小时可以取报告，如果检查人数较多情况下，可能需要6-8个小时。遇到疑难病例需要进行全科会诊，如果患者还进行X线、CT等其他影像学检查，还会请X线、CT医生进行会诊，综合患者所有检查后再出具诊断报告。若遇到大面积脑梗、脑出血等急症患者，医生会在检查结束后立即联系患者主管医生，告知患者情况并上报危机值。
