垂体Rathke囊肿属于先天性病变，一般不是特别严重。垂体Rathke囊肿并非肿瘤，而是先天性异位残留组织。正常情况下，垂体不应出现囊肿，但由于其发育过程中组织未进化完全，因此存在残留组织。Rathke囊肿多数情况下无症状，发现后无需过度担心，目前通过高清的核磁共振，基本上可以判别是Rathke囊肿，还是垂体瘤或者颅咽管瘤。
当患者鉴别上述三个疾病后，考虑是Rathke囊肿的可能性较大，大部分都可以通过观察，判断是否进行后续治疗。但是如果Rathke囊肿进行性增大，或垂体功能因囊肿压迫发生异常改变，导致某种激素分泌增加或降低，或囊肿压迫上方视交叉而引起视力下降，以及因颅内压增高引起头痛，需积极进行手术干预。目前手术干预的方法，是经鼻进行微创手术。
