患者做吞咽运动时，如果出现喉咙痛，绝大多数的原因是咽喉疾病，只有极少数是由于食道疾病引起。患者做吞咽运动导致咽喉痛，常见的原因是炎症，比如急性咽喉炎，可出现发烧，在吞咽时喉咙疼痛较严重。另外，较常见的急性扁桃体炎，患者通常发烧较严重，比如39-40℃，伴有咽喉疼痛，尤其是吞咽、饮水时疼痛均较严重。
另外，急性会厌炎患者也会出现发烧、吞咽疼痛加剧，病情比较严重，随着会厌炎症的发展，可导致吞咽障碍，甚至呼吸障碍。咽喉肿瘤出现破溃感染，可使患者做吞咽运动，或者进食时出现疼痛。只有少数患者因为食道炎症或者食道肿瘤，出现吞咽时咽喉疼痛，或者胸后疼痛明显的情况。因此，当患者吞咽疼痛明显时，应到医院就诊，查明原因并进行治疗。
