以往如果患者行卵巢巧克力囊肿手术，住院时间多在1周以上，而现在通常仅需住院3-5天即可。但根据每个患者体质不同，住院的时间长度亦有细微差别，但总体住院时间均明显缩短。

巧克力囊肿行手术治疗需要住院，目前通常采取微创手术，即腹腔镜手术。手术方法为在患者的腹部皮肤打开数个孔洞，将操作器械经孔洞探入腹腔进行操作。根据快速康复外科理念，患者的住院时间较前缩短，术前检查多可在1天完成，术后不留置尿管，鼓励患者术后尽早翻身及下地活动，不仅有利于术后恢复，也有利于缩短患者的住院时间。