PET-CT实际上对恶性肿瘤的筛查以及诊断，具有相对特异性和敏感性，但是它并不能查出体内所有的癌症，对机体90%以上的癌症，它都可以有一定的提示和预警作用，但是它也容易受到一些因素的影响，使肿瘤筛查存在一定局限性。
当体内处于高血糖，或者因为降糖药物的时候，PET-CT因为它造影剂的局限性，可能显影就不会特别充分，容易对某些病灶起到漏诊，或者诊断错误的情况，因此临床上不仅要通过PET-CT进行可疑病灶的筛查，最主要还是介入影像学的判断才能更为准确。
除此以外，PET-CT对头部病灶显影并不是很充分，主要的原因是大脑细胞都代谢相对比较活跃，当体内代谢比较活跃，比如癌细胞，它对特殊的造影剂，如普安造影剂，能有高摄取的作用，从而在PET-CT的显示下，形成高代谢的病灶，此时提示高度恶性病变。
大脑细胞本身属于活跃程度相对比较高的这类细胞，通过PET-CT的造影剂摄取，可能全脑都呈现非常明亮的代谢，也很难能看到相对比较小，或者比较细微的病灶，容易忽略。因此，PET-CT对头部显影也不好，经常可能在PET-CT检查的基础上，要结合头部核磁共振的检查，才能更为准确。
