免疫性不孕通常指男女双方不孕，进行分析时未找到明确原因，可能检查抗精子抗体、抗内膜抗体、抗卵巢抗体等发现抗体阳性，可归结到免疫性不孕。目前对于抗精子抗体、抗内膜抗体具有争议，因为部分患者抗体呈阳性，但却可以正常怀孕。
胚胎是半自体移植，有时免疫性不孕指部分患者对自己卵子不排斥，但对来源于父方精子排斥，则此类受精卵无法怀孕。因为排斥来自于父方部分，可能移植过程中要加免疫抑制剂，抵消部分排斥。
当进行试管婴儿时，精子需要进行洗涤，而且整个受精过程是在体外完成，然后形成第3天或者第5-6天的胚胎，再移植回子宫内膜的过程中，可能将抗精子抗体阳性作用抵消，所以不用特别关注抗精子抗体阳性问题。
