腹部CT和核磁共振两种检查技术成像原理不同，CT是利用X线对人体某部位进行断层扫描成像，磁共振是利用人体内氢质子含量不同，进行多方位、多序列成像。两种检查技术成像原理不同，在腹部应用不完全一致，各有优势，可以实现优势互补，例如CT在肝、胰、脾、肾实质脏器疾病诊断和鉴别诊断中起主导作用。

腹膜后占位性病变、腹膜后淋巴结或胆道神经类疾病诊断，核磁共振优于CT检查，尤其是在胆道占位性病变、胆道结石，例如胆囊结石、胆总管结石诊断方面，可以通过磁共振水成像，清楚观察到胆结石所在部位引起的胆系扩张程度。由于胆石中钙含量较低，CT不一定显影，核磁共振水成像能够清楚得以显示，使诊断更加明确，避免漏诊。