CT增强和MRI增强所使用的造影剂不同，临床CT增强检查一般使用含碘水溶性对比剂，根据组成不同，主要分为离子型和非离子型，目前国内外普遍使用非离子型碘对比剂，毒性小，含碘量高，副作用小，增强效果较好。CT对比剂应用中可能发生过敏样反应，依据轻、中、重度程度不同进行相应处理。此外，CT增强扫描过程中还可能发生不良事件，例如对比剂外渗、血管空气栓塞等。对比剂外渗临床较常见，一般与患者血管状况存在一定关系。

MRI增强扫描目前应用最广泛的对比剂为含钆对比剂，为离子型细胞外液对比剂，可应用于全身各部位核磁增强检查，副作用发生率较低，多表现为头晕、一过性头痛，以及恶心、呕吐、皮疹等，严重不良反应发生率较低。出现严重不良反应患者大部分存在原有呼吸系统疾病或过敏病史。目前临床应用另外一种对比剂是肝脏特异性对比剂，可以较好对原发性肝癌、肝脏转移瘤，以及其他富含Kupffer细胞良性肿瘤进行诊断和鉴别诊断。