三代试管婴儿，偶尔还是会出现胎停，但是发生概率不高，确实会出现。在出现胎停时，尤其是早期胎停，也就是小于8周的胎停，通常医生的第一反应可能是胚胎出了问题，但是三代试管婴儿是非整倍体筛查，会把染色体异常给筛出来，就保证基本是正常胚胎。
整倍体胚胎放进去，还是会出现胎停，就要推测一些原因。首先，胚胎检测也可能会出问题，但是这种出错率不高，大概是1%的概率，所以这个不是常发事件，不会首先考虑到这个原因。其次，考虑一下出现胎停是否是病人宫腔本身有问题，也就是这个病人以前的宫腔是否有粘连，或者内膜不够厚，导致胚胎供氧不足，出现胚胎停育。
另外，病人是否有免疫方面的因素，导致胚胎出现了停孕。所有的三代试管婴儿，要经过一个活检，囊胚包括内细胞团和滋养层细胞，要在滋养层上取5-10个细胞，取细胞以后，胚胎的发育潜能是否会下降，这个都不好说。如果潜能下降，可能也会导致胎停的状态，或者生化的状态发生。
