慢性肾盂肾炎的临床表现不典型，病人可能出现腰痛、间断双下肢浮肿，以及间断的尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状。病人既往有尿路感染的反复发作，如果做影像学检查可以发现肾盂、肾盏变形，尿常规有白细胞或者少量红细胞、蛋白，中段尿培养可见致病菌。

慢性肾盂肾炎随着时间延长，病人可以出现肾小管功能受损表现，比如夜尿增多，随着病程进展，有的病人可以出现慢性肾功能衰竭的表现，如高血压、贫血、消化道症状。慢性肾盂肾炎是慢性肾功能衰竭的病因，首先要治疗尿路感染，其次要保护肾功能，定期检查，如果发现肾功能异常，应按照慢性肾脏病处理，给予慢性肾脏病的一体化治疗。