新生儿先天性心脏病的治疗方法，主要是取决于先天性心脏病的类型。

1、立即手术治疗：部分新生儿的先天性心脏病，生后就需要进行处理，需要紧急进行手术，如大动脉转位。如果此种新生儿不进行紧急手术，对其生命都存在影响。如严重主动脉弓缩窄，此时如果新生儿不进行手术，也很快会由于导管关闭，导致新生儿死亡；

2、定期随访：而部分新生儿的先天性心脏病，在新生儿期不用进行特殊处理，如小的室间隔缺损、房间隔缺损，这些常见的新生儿先天性心脏病，在新生儿期其血流动力学循环障碍较低，对新生儿影响不是太大，就无需进行干预，进行定期的随访观察就行；

3、药物治疗：另外，对于部分先天性心脏病，需要用药物进行治疗，因为有些先天性心脏病如果不进行药物治疗，很难度过新生儿期，如一部分动脉导管未闭，会引起来持续胎儿循环、持续肺动脉高压，此时可能就需要用药物来关闭新生儿的动脉导管。如果此种情况下药物治疗不行，还要进行手术来关闭其导管，才能够新生儿度过新生儿期。部分新生儿存在较大的室间隔缺损，或者较大的缺口，引起新生儿出现心衰的表现，使呼吸机都难以撤下。此时可能还需要给予其抗心衰的治疗，才能够新生儿的病情得到彻底好转。

所以，对于新生儿先天性心脏病的治疗，分以上的这几种情况，根据不同的情况，可能选择立即手术、有的是抗心衰治疗、有的可以进行观察，这三种不同的处理的方式。