中医在治疗肛瘘方面具有较多经验，临床具有显著的疗效。在中医治疗方面，对于肛瘘初形成时候，可用一些拔脓药膏促进体表破溃，起到以药代刀的作用，从而可到达早期排脓的目的。

在肛瘘术后恢复过程中，可局部用各式各样的中药。因肛瘘本身为感染性疾病，肛瘘的瘘管有一些腐肉存在，故用祛腐药可促进腐肉早期脱下。在腐肉干净以后可用生肌药促进伤口快速愈合，局部中药坐浴也可以缓解病人疼痛症状，改善病人术后恢复体验。